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Gromacs安装日志

装在非默认目录下的安装过程

我用的是fftw-3.3.3和gromacs-4.5.5,先要去官网下载他们的压缩包(.tar.gz)

1.解压缩文件包

tar -zxvf [filename]

2.编译fftw

(1)cd [file address]

e.p. cd /home/yujy/fftw-3.3.3

(2)./configure --prefix=/home/yujy/fftw-3.3.3 --enable-float --enable-shared

(3)make

(4)make install

3. 设置环境变量

(1)export CPPFLAGS=”-I/home/yujy/fftw-3.3.3/include”

(2)export LDFLAGS=”-L/home/yujy/fftw-3.3.3/lib”

(3)返回上级菜单 cd ../

4.  编译gromacs

(1)cd [file address]

  e.p. cd /home/yujy/gromacs-4.5.5

(2)./configure --prefix=/home/yujy/gromacs-4.5.5

  make

  make install

5.  设置全局变量

编辑.bashrc文件(一般在/etc/.bashrc)

如果是在本地机

直接找到文件双击打开在最后一行加入export PATH=$PATH:/home/yujy/gromacs-4.5.5/bin即可(编辑前要确定自己有编辑该文件的权限)

或在终端输入gedit /etc/.bashrc

 

如果在远端服务器上用vi如何加?

输入命令:vi /etc/.bashrc

按shift+g跳到最后一行

输入i进入输入模式

输入export PATH=$PATH:/home/yujy/gromacs-4.5.5/bin

输入:w 保存文件

输入:q  退出vi

 

更多更详细细节见:http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_4.5

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