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Ubuntu下给Gromacs安装dssp

1.下载安装4.5.5以上的gromacs版本。

   我使用的是版本4.6 。

   安装过程:(详见http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions

   1)更新最新版本的编译器

   2)检查是否有CMake 2.8.x或以上版本:

     打开终端(Ctrl Alt T),输入CMake --h 如果提示command not found,则表示没有安装。 输入sudo apt-get install cmake。安装完毕后再输入CMake --h ,即可看到cmake版本(2.8.7)

   3)解压graomacs-4.6.tar.gz

tar -xzvf gromacs-4.6.tar.gz

   4)建立分离的build文件夹并进入文件夹

cd gromacs-4.6

mkdir build

cd build

   5)运行CMake

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON

   6)运行make和make install

make

sudo make install

2.下载安装dssp(详见此处

  1)下载dssp

sudo wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/dssp-2.0.4-linux-amd64 -O /usr/local/bin/dssp

  2)改dssp执行权限

sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp

   

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